BIOINFORMATICS AQUACULTURE

Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole

(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design, and

development of the Soleamold bioinformatic platform

Dalam beberapa tahun terakhir ini banyak penelitian yang meneliti beberapa ikan yang memiliki mekanisme perkembangan vertebrata dan telah menjelaskan tentang fenomena evolusi yang memahami tentang genom duplikat dan membungkam gen duplikat. Para pengguna teknologi genom pada ikan juga berpotensi untuk meningkatkan akuakultur untuk produksi masal yng mendapatkan target spesies yang menguntungkan bagi kesejahteraan manusia karena ikan merupakan sumber makanan bagi manusia. Studi ini mengkin berguna untuk fisiologis dan genetika dasar untuk mencegah penyakit dan gamet yang layak dalam produksi.

Salah satu ikan komersial yang terpenting dan model yang unik untuk studi penelitian yaitu tetraploids. Jaringan Transkliptome pada beberapa spesies masih memiliki alat genom berpotensia untuk kelautan yang relevan dan terutama untuk fungsional penelitian genomik. Flatfish merupakan anggota dari Pleuronectiformes, merupakan spesies laut berjenis bentik dan merupakan karnivora meskipun beberapa spesies hidup di air tawar. Ikan ini menhalami perkembangan secara metamorfosis. Cara drastic morfologi dan perubahan fisiologis masih mudah tapi kurang dipahami. Flatfish merupakan bahan makanan pilihan bagi masyarakat. Jepang telah menbudidayakan flatfish dan telah berkembang pesat dan berhasil, meskipun demikian produksi ini masih sepenuhnya belum berhasil.

Di kota Eropa juga mengembangkan budidaya ini, tapi karena kurngnya pengetahuan mekanisme dan fisiologis. Pengembangan akuakultur terganggu oleh kurangnya metode untuk menangkal penyakit dan meningktkan pertumbuhan larva.

Ilmu tersebut telah di kembangkan menjadi ilmu genomik untuk S. senegalensis yaitu sebuah pengembangan ekonomi penting dalam dunia khususnya dunia perikanan. Genomik ini meliputi koleksi gen dan diekskresikan oleh oligonukleotida yang dapat di gunakan untuk mempelajari gen ekskresi dalam sepsis tersebut.

Akibat kurangnya pengetahuan tentang sumber daya genom untuk non-model maka spesies ikan memeliki kepentingan untuk meningkatkan sumberdaya perikanan. Hasil analisa sequencing 10.185 EST S. senegalensis merupakan geminik baru dalam sumberdaya untuk jenis flasfist. EST survai dapat member informasi karateristik dan kontribusi ikan, EST ikan juga berfungsi sebagai penanda molekurase untuk masa pembelajaran genetic dan untuk memberiakn informasi pemeriksaan ISh studi lokalasi selular.

jurnal dapat di lihat disini

BIOINFORMATICA OF AQUACULTURE

BIOINFORMATICA OF AQUACULTURE

Mungkin teman-teman sudah tau apa bioinformatica itu, maka disini saya akan membahas mengenai manfaat ilmu bioinformatica dalam aquakultur.

Kita sudah mengetahui bahwa potensi perikanan dalam hal pangan telah menjadi isu terhangat di masyarakat baik itu di dalam maupun di luar negri. Produksi akuakultur diharapkan dapat di tingkatkan beberapa kali lipat untuk  memenuhi pangan berupa ikan di masa yang akan datang. Intensitas dan kapasitas produksi diharapkan dapat meningkt dengan bantuan bioteknologi. Salah stu hal yang dapat kita lakukan dalam oenggunaan bioteknologi yang berguma bagi pengembangan akuakultur adalah dengan teknologi transfer gen. Teknik ini telah diaplikasikan pada spesies-spesies yang memiliki nilai ekonomis.

Teknologi transfer gen telah digunakan oleh ilmu pertanian dalam meng klon hewan, saat ini teknologi tersebut di kembangkan di bidang akuakultur. Dalam akuakultur teknik breeding tidak semudah pada bidang peternakan yang sudah lama melakukan teknik tersebut dan teknik selektif breeding mrmbutuhkan waktu yang lama (beberapa generas) untuk memperoleh strain seperti demikian. Oleh karena itu dalam bidang akuakultur menggunakan metode yamg disebut dengan biologi molecular. Metode ini mungkin cepat dan sangat efektif untuk diaplikasikan dalam pembenihan. Selamjutnya teknik ini digunakan sebagai alat untuk akuakultur secara umum.

Teknik Transfer Gen 

1.   Mikroinjeksi

Pekerjaan ini dilakukan di bawh mikroskop dengan bantuan micromanipulator  pengatur gerak jarum suntik dan volume larutan DNA yang akan di suntikkan. Namun demikian, terdapat dua masalah dalam pengaplikasian teknik ini pada ikan. Maslah pertama adalah inti telur ikan  yang telah dibuahi relative sulit di indentifikasi di dalam mikroskop karena ukurannya kecil dan volume ditoplasma besar. Masalah kedua korior telur sanagat keras dan sulit untuk oleh mikroopipet.

Untuk memecahkan masalah di atas peneliti sudah memecahkan masalah tersebut.

2.  Elektroforesis

Metode lain yang juga popular digunakan dalam pembuatan ikan transgenic adalah elktroforesis. Prinsip metode ini adalah membuat reparable-holes pada membrane sel dengan bantuan aliran listrik yang bergetar (electric pulse). Sel disuspensikan dalam larutan DNA, dan larutan ini dapat masuk ke sel melalui lubang yang telah di bentuk. Pada awalnya, teknik ini di kembangkan untuk kultur sel, namun demikian teknik ini dapat di aplikasikan untuk telur dan sperma.

3.  Metode alternatif

Kedua metode transfer gan yang di paparkan diatas telah digunakan secara rutin pada ikan. Akan tetapi dapat bermasalah pada ikan yang mengalami perkembangan embrionya di dalam tubuh. Akibatya transfer gan tidak dapat di gunakan pada metode Mikroinjeksi dan Elektroforesis. Alternative metode ini telah di kembangkan oleh Burns et al (1993) dengan menggunakan bantuan vector yang di kenal sebagai replication-defective pantropic retroviral. Vector ini sekses meng injeksi ikan, kodok dan nyamuk.

Aplikasi Transfer Gen Dalam Akuakultur

a.   Peningkatan Pertumbuhan

Biaya akuakultur secara kasar bias dikatakan kebutuhan pakan ikan saat ini sangat penting. Oleh karena itu perhatia utama pada akuakultur pada tingkat kebutuhan pakan adalah pertunbuhan.

b.   Peningkatan Daya Tahan Terhadap Suhu Dingin

Temperature air yang sangat dingin umumnya menyebabkan ikan stress, akan tetapi ada beberapa ikan yang dapat hidup pada suhu dingin. Yang terpenting masalah ini menjadi masalah utama akuakultur di daerah temperet dimana pada saat musim dingin ikan kehabisan stok.

c.   Peningkatan Daya Ikan Terhadap Pathogen

Pendekatan untuk menghindari kerusakan akibat virus dan bakteri pathogen pada ikan budidaya, saat ini di alihkan ke penggunaan vaksin DNA dan agen antimicrobial, vaksin DNA di gunakan dengan cara menginjeksi DNA yang mengkodekan antigen(biasaya membrane luar dari bakteri atau protein kapsit dari virus) sehingga protein di ekspresikan sebagai in vivo  dan merangsang produksi antibody. Pendekatan ini telah berhasil pada beberapa ikan percobaan.

KESIMPULAN

Beberapa kemajuan menggunakan yang di peroleh menggunakan ikan ekonomis penting membuka jalan lebar menuju aplikasi transfer gen dalam akuakultur. Beberapa hal seperti daya tahan terhadap penyakit, terhadap stress lingkungan dan perbaikan kualitas daging merupakan isu yang masih di pelajari lebih lanjut

Untuk mengplikasi teknologi ini dalam akuakultur, masih di butuhkan informasi tentang molecular dan biologi sel pada ikan, khususnya studi tentang mekanisme ekspressi gan yang di butuhkan untuk mengntrol gen asing secara tepat.

JUrnal ini dapat di lihat dan di kunjungi di 

 http://repository.ipb.ac.id/bitstream/handle/123456789/46478/alimuddin.pdf?sequence=2