Bioinformatika didalam Budidaya

Bioteknologi sekarang ini sangat berkembang dengan pesat dan luar biasa. Salah satu bio teknologi yang di unggulkan saat ini adalah bidang rekayasa genetik. Sudah banyak penelitian di seluruh dunia yang berhasil dalam melakukan rekayasa genetik. Mulai dari sayuran transgenetik, sapi hibrida dan budidaya.

 Rekayasa genetika dalam arti paling luas adalah penerapan genetika untuk kepentingan manusia. Dengan pengertian ini kegiatan pemuliaaan hewan atau tanaman melalui seleksi dalam populasi dapat dimasukkan. Demikian pula penerapan mutasi buatan tanpa target dapat pula dimasukkan. Masyarakat ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang lebih sempit, yaitu penerapan teknik-teknik genetika molekular untuk mengubah susunan genetik dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik yang diarahkan pada kemanfaatan tertentu.

Dalam budidaya,khususnya akuakultur sangat membutuhkan adanya rekayasa genetik, karena pada lima tahun kedepan akan memegang peranan penting untuk mensuplai kebutuhan pangan khususnya dari hasil perikanan dimasa depan. Manfaat ditemukannya rekayasa genetic pada budidaya adalah

1.       Meningkatkan derajat kesehatan pada media budidaya

2.       Tersedianya bahan makanan yang lebih melimpah, disini merupakan manfaat untuk manusia dalam memperoleh kebutuhan pangan yang dikususkan pada hasil budidaya perikanan

3.       Tersedianya sumber-sumber energy  yang baru

4.       Proses industi yang lebih murah, karena rekayasa genetic ini dapat di pelajari oleh semua orng dan setiaop orng dapat menciptakan rekayasa genetic sendiri terutama pada budidaya

5.       Berkurangnya polusi di manapun karena rekayasa ini bermanfaat untuk kegitan pemulihan.

Rekayas genetic dalam arti luas yaitu penerapan genetic untuk kemudahan manusia dalam memperoleh sumber daya. Kegiatan ini untuk pemulihan hewan atau tanaman melalui seleksi populasi, dmana kita dapat memilih mana yng bagus dan tidak bagus dalam budidaya. Demikian pula penerapan mutasi buatan tanpa target dapat pula dimasukkan. Walaupun demikian, masyarakat ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang lebih sempit, yaitu penerapan teknik-teknik biologi molekular untuk mengubah susunan genetik dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik yang diarahkan pada kemanfaatan tertentu.

Obyek rekayasa genetika mencakup hampir semua golongan organisme, mulai dari bakteri, fungi, hewan tingkat rendah, hewan tingkat tinggi, hingga tumbuh-tumbuhan. Bidang kedokteran dan farmasi paling banyak berinvestasi di bidang yang relatif baru ini. Sementara itu bidang lain, seperti ilmu pangan, kedokteran hewan, pertanian (termasuk peternakan dan perikanan), serta teknik lingkungan juga telah melibatkan ilmu ini untuk mengembangkan bidang masing-masing. 

Komponen penting penyusun rekayasa genetic adalah DNA, penemuan stuktur DNA ini menjadi hal yang paling penting karena dari sinilah manusia dapat melakukan kegiatan rekayasa genetic dan menen tukan bagaimana sifat dapat diubah menggunakan komposisi DNA yang polimernya bervariasi.

Pembenihan selektif, yang merupakan pembenihan ikan secara tradisional, pertama kali dikembangkan pada ikan mas ribuan tahun yang lalu. Namun sampai sekarang pembenihan selektif hanya diterapkan pada ikan untuk konsumsi seperti ikan nila, catfish, dan trout sehingga masih banyak ikan budidaya yang pembenihannya seperti di perairan umum. Program pembenihan secara selektif telah memberikan peningkatan hasil dan pendapatan yang setabil contohnya terdapat peningkatan tingkat pertumbuhan 5-20% pada ikan budidaya seperti Salmon, Nila dan catfish.

Manipulasi pada bentuk kromosom merupakan teknik yang bisa digunakan untuk menghasilkan organisme ‘triploid’ yaitu organisme dengan tiga bentuk kromosom dimana biasanya suatu organisme cuma memiliki dua bentuk. Triploid umumnya tidak bisa bereproduksi sehingga ada pemikiran bahwa energi yang dimiliki akan sepenuhnya digunakan untuk meningkatkan perkembangan suatu organisme walaupun belum ada bukti yang menguatkan pemikiran tersebut. Keuntungan triploid lebih terlihat pada fungsi sterilitasnya meskipun tidak mencapai 100%. Contohnya, tiram triploid tidak dapat memproduksi gonad sehingga dapat dipasarkan sepanjang tahun. Hal ini disebabkan produksi gamet (sel kelamin, ovum atau telur pada betina dan sperma pada jantan) membuat tiram yang matang gonad memiliki rasa yang tidak enak.

sumber : 

http://topx666.wordpress.com/tag/bioteknologi/
http://blogs.itb.ac.id/mrazick/2011/09/24/rekayasa-genetika/
http://www.supm-bone.net

PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI)

A. PENDAHULUAN

     NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom. NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan berikut: untuk membuat dan memelihara database publik, mengembangkan perangkat lunak untuk menganalisis data genom, dan untuk melakukan penelitian dalam biologi komputasi.  

       Produk-produk bioteknologi selalu menimbulkan keterkejutan, keheranan dan akhirnya memunculkan kekaguman kepada kita, karena tidak pernah membayangkan sebelumnya produk-produk tersebut dapat dibuat oleh manusia. Di bidang Pertanian, bioteknologi mampu menciptakan jenis tanaman yang mempunyai sifat unggul (produksi tinggi, tahan hama dan penyakit), lebih sensasional lagi bahwa tanaman tersebut dapat menghasilkan pupuk sendiri. Di bidang peternakan dan perikanan, teknologi transgenik merupakan salah satu alternatif upaya peningkatan produksi untuk memenuhi kebutuhan protein hewani masyarakat. Di bidang kesehatan dan pengobatan, bioteknologi telah mampu menyelesaikan masalah infertilitas. Kiranya sudah tidak dapat terbendung lagi derasnya arus bioteknologi memasuki milenium ke tiga, yang semakin hari keberadaanya semakin kokoh.

 B. Program National Center for Biotechnology Information  NCBI

Databases and Software
1. Entrez
    Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan sekuensing, pemetaan (mapping) , taksonomi dan data struktural. Entrez juga menyediakan gambaran grafis untuk mapping sekuen dan kromosom. Ciri khas dan keunggulan Entrez adalah kemampuan untuk pencarian informasi terkait sekuen, struktur dan referensi. Literatur jurnal yang tersedia dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung pencarian di web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di MEDLINE. Entrez Gene adapat diakses pada www.ncbi.nlm.nih.gov/gene.
2. Nucleotide Database
    Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein Data Bank (PDB).
    a. GenBank
        GenBank merupakan database sekuen genetik dari NIH (National Institutes of Health), berupa koleksi     sekuen DNA yang dapat diketahui oleh publik. Database GenBank dibiayai dan didistribusi NCBI. Data  sekuen dikirim ke GenBank oleh peneliti dari seluruh dunia. 

3. Blast
    BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan
dengan database DNA dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik).

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

a. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.

b. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein.

c. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6‐frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.

d. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.

e. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida

C. Manfaat NCBI bagi Kehidupan Manusia

Menurut beberapa informasi, sangat banyak manfaat bioteknologi ini bagi kehidupan manusia dalam meningkatkan kesejahteraan dan perbaikan hidupnya, antara lain untuk memerangi kelaparan, mengatasi kelangkaan sumber daya energi, mengurangi pencemaran lingkungan dan masih banyak lagi. Menghadapi pesatnya kemajuan bioteknologi ini, apa yang sebenarnya harus dilakukan dalam mengantisipasinya, terutama dampak negatif yang mungkin ditimbulkan. Pengkajian mendalam melalui dasar-dasar pengetahuan, penalaran, logika, moral, agama, serta kriteria kebenarannya, tentu akan sangat membantu menuntun kita pada tujuan pengembangn IPTEK yang sebenarnya. Selaras dengan kemajuan peradaban, bioteknologi dapat dijadikan tolak ukur perkembangan otak manusia yang luar biasa saat ini. 

D. Peranan  National Center for Biotechnology Information    NCBI

1. NCBI selalu melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi  untuk mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lain mendorong komunikasi ilmiah dengan pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian cerama
2.  NCBI mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural yang melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah dalam mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinasikan  akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis.
3. NCBI mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, serta  tata-nama biologi. 

 KESIMPULAN :

Biotechnology sangat membatu pada kehidupan manusia, mulai dari proses bio-yang sederhana sampai kepada tinggkat yang lebih canggih. NCBI juga mendorong komunikasi ilmiah pada bidang komputer. tetapi dalam cangginhnya teknologi juga dapat menimbulkan masalah. Etika perlu diterapkan dalam pengembangan biotechnology, serta penerapan secara teknis. aturam pemerintah dapat berperan penting dalam perkembangan biotechnology dengan pengawasan yang baik maka biotechnology tidak dipersalah gunakan

Baru kali ini aku buat blog,buat aja gara-gara ada tugas TI klo g ada tugas ini aku g bakal buat blog..

    Terimakasih teman-temanku yang udh mau ngajarin aku buat blog

       smoga klian tidk bosan-bosannyaan untuk  membatu aku. 

Dan untuk pak dosen sekaligus bapak wali saya...

      saya berterimakasih sudah memberi tugas yang  bermanfaat sehingga sya tidak menjadi orang yang gaptek
(HhehE..)