PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI)

A. PENDAHULUAN

     NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom. NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan berikut: untuk membuat dan memelihara database publik, mengembangkan perangkat lunak untuk menganalisis data genom, dan untuk melakukan penelitian dalam biologi komputasi.  

       Produk-produk bioteknologi selalu menimbulkan keterkejutan, keheranan dan akhirnya memunculkan kekaguman kepada kita, karena tidak pernah membayangkan sebelumnya produk-produk tersebut dapat dibuat oleh manusia. Di bidang Pertanian, bioteknologi mampu menciptakan jenis tanaman yang mempunyai sifat unggul (produksi tinggi, tahan hama dan penyakit), lebih sensasional lagi bahwa tanaman tersebut dapat menghasilkan pupuk sendiri. Di bidang peternakan dan perikanan, teknologi transgenik merupakan salah satu alternatif upaya peningkatan produksi untuk memenuhi kebutuhan protein hewani masyarakat. Di bidang kesehatan dan pengobatan, bioteknologi telah mampu menyelesaikan masalah infertilitas. Kiranya sudah tidak dapat terbendung lagi derasnya arus bioteknologi memasuki milenium ke tiga, yang semakin hari keberadaanya semakin kokoh.

 B. Program National Center for Biotechnology Information  NCBI

Databases and Software
1. Entrez
    Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan sekuensing, pemetaan (mapping) , taksonomi dan data struktural. Entrez juga menyediakan gambaran grafis untuk mapping sekuen dan kromosom. Ciri khas dan keunggulan Entrez adalah kemampuan untuk pencarian informasi terkait sekuen, struktur dan referensi. Literatur jurnal yang tersedia dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung pencarian di web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di MEDLINE. Entrez Gene adapat diakses pada www.ncbi.nlm.nih.gov/gene.
2. Nucleotide Database
    Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein Data Bank (PDB).
    a. GenBank
        GenBank merupakan database sekuen genetik dari NIH (National Institutes of Health), berupa koleksi     sekuen DNA yang dapat diketahui oleh publik. Database GenBank dibiayai dan didistribusi NCBI. Data  sekuen dikirim ke GenBank oleh peneliti dari seluruh dunia. 

3. Blast
    BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan
dengan database DNA dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik).

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

a. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.

b. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein.

c. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6‐frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.

d. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.

e. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida

C. Manfaat NCBI bagi Kehidupan Manusia

Menurut beberapa informasi, sangat banyak manfaat bioteknologi ini bagi kehidupan manusia dalam meningkatkan kesejahteraan dan perbaikan hidupnya, antara lain untuk memerangi kelaparan, mengatasi kelangkaan sumber daya energi, mengurangi pencemaran lingkungan dan masih banyak lagi. Menghadapi pesatnya kemajuan bioteknologi ini, apa yang sebenarnya harus dilakukan dalam mengantisipasinya, terutama dampak negatif yang mungkin ditimbulkan. Pengkajian mendalam melalui dasar-dasar pengetahuan, penalaran, logika, moral, agama, serta kriteria kebenarannya, tentu akan sangat membantu menuntun kita pada tujuan pengembangn IPTEK yang sebenarnya. Selaras dengan kemajuan peradaban, bioteknologi dapat dijadikan tolak ukur perkembangan otak manusia yang luar biasa saat ini. 

D. Peranan  National Center for Biotechnology Information    NCBI

1. NCBI selalu melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi  untuk mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lain mendorong komunikasi ilmiah dengan pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian cerama
2.  NCBI mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural yang melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah dalam mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinasikan  akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis.
3. NCBI mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, serta  tata-nama biologi. 

 KESIMPULAN :

Biotechnology sangat membatu pada kehidupan manusia, mulai dari proses bio-yang sederhana sampai kepada tinggkat yang lebih canggih. NCBI juga mendorong komunikasi ilmiah pada bidang komputer. tetapi dalam cangginhnya teknologi juga dapat menimbulkan masalah. Etika perlu diterapkan dalam pengembangan biotechnology, serta penerapan secara teknis. aturam pemerintah dapat berperan penting dalam perkembangan biotechnology dengan pengawasan yang baik maka biotechnology tidak dipersalah gunakan